Muito além das praias e dos esportes náuticos, Ilhabela guarda uma parte importante de sua história dentro do Museu Náutico, localizado no centro histórico da cidade. Com entrada gratuita, o espaço reúne informações sobre a navegação no arquipélago, naufrágios no Canal de São Sebastião e a relação da região com as baleias migratórias.
Instalado no prédio histórico da antiga Cadeia e Fórum, o museu apresenta peças recuperadas de embarcações, maquetes, objetos de navegação e painéis sobre acidentes marítimos ocorridos entre os séculos XIX e XX. Entre os destaques está o naufrágio do Príncipe de Astúrias, considerado um dos maiores desastres marítimos da história da América do Sul. A exposição também aborda os faróis históricos e pesquisas sobre a arqueologia subaquática da região.
A visita ganhou uma nova atração em junho de 2026, com a abertura da Sala das Baleias, criada em parceria com o VIVA Instituto Verde Azul. O espaço apresenta informações sobre cetáceos, migração e conservação marinha. Durante as férias de julho e a 53ª Semana Internacional de Vela, o museu se torna uma opção cultural para quem visita a Vila, com fácil acesso a restaurantes, cafés e outras atrações. O espaço fica na Praça Coronel Julião, 115, e funciona diariamente, das 9h às 20h, sujeito a alterações.
